Ποινική δίωξη για βαρύτατες κατηγορίες, ασκήθηκε από τον εισαγγελέα Πρωτοδικών, Ι. Σέβη που διενήργησε την προκαταρκτική έρευνα για τα οικονομικά της «Κιβωτού του Κόσμου».
Συγκεκριμένα, ασκήθηκε ποινική δίωξη σε βάρος του πατέρα Αντώνιου και της πρεσβυτέρας, Σταματίας Γεωργαντή, για τα κακουργήματα της απιστίας, της υπεξαίρεσης και του ξεπλύματος μαύρου χρήματος.
Ειδικότερα, η πρεσβυτέρα φέρεται να έχει τελέσει τα αδικήματα της απιστίας και της υπεξαίρεσης ως φυσικός αυτουργός ενώ στον πατέρα Αντώνιο αποδίδεται ηθική αυτουργία στις παραπάνω πράξεις. Και οι δύο βαρύνονται με το αδίκημα του ξεπλύματος μαύρου χρήματος.
Επίσης, για το πλημμέλημα της συνέργειας σε υπεξαίρεση διώκεται ένας πρώην εργαζόμενος στην Κιβωτό του Κόσμου κι ένα συγγενικό πρόσωπο του ζευγαριού καθώς ένα μέρος του μισθού του υπάλληλου (30.000 ευρώ) φαίνεται να γύριζε στην οργάνωση ενώ στη θυρίδα του συγγενικού προσώπου του ιερέα και της πρεσβυτέρας, σε νησί του Αιγαίου εντοπίστηκαν 57.000 ευρώ.
