Ο κ. Εμμανουήλ κατηγορείται για δωροδοκία και νομιμοποίηση εσόδων από παράνομη δραστηριότητα, κατηγορίες που αφορούν ποσό 17 εκατομμυρίων ευρώ, τα οποία είχαν φθάσει σε εταιρεία του από τη γερμανική HDW.
Σύμφωνα με πληροφορίες, ο κατηγορούμενος αρνείται τις πράξεις, που του αποδίδονται, και υποστηρίζει ότι το επίμαχο πόσο αποτελεί νόμιμη αμοιβή από σύμβαση που υπέγραψε με τη γερμανική HDW -ιδιοκτήτρια τότε των Ναυπηγείων- για το μανατζμεντ επί τέσσερα χρονια. Ο κ. Εμμανουήλ φέρεται να υποστήριξε ότι στο ποσό συμπεριλαμβάνεται και 25% επί του τζίρου της γερμανικής εταιρείας, κατασκευάστριας των υποβρυχίων.
Υποστηρίζει, επίσης, ότι τα χρήματα τα έφερε στην Ελλάδα από το εξωτερικό, όταν τέθηκε σε ισχύ ο ευνοϊκός νόμος Αλογοσκούφη για επαναπατρισμό κεφαλαίων, ότι ελέγχθηκαν από το ΣΔΟΕ και ότι φορολογηθηκε γι αυτά.
Φέρεται, επίσης, να ισχυρίζεται ότι κατ΄απαίτηση της εργοδότριάς του γερμανικής εταιρείας, συστήθηκε από αυτόν εταιρεία για την καταβολή των πληρωμών.
